Создана в июле 2012 года. В зону ответственности входят 12 морских портов: Владивосток, Восточный, Находка, Посьет, Ольга, Зарубино, Анадырь, Тикси, Певек, Провидения, Беринговский, Эгвекинот расположенные в 3-х субъектах РФ. Основным направлением деятельности администрации является обеспечение безопасности мореплавания морских портах, организационное, материально-техническое и финансовое обеспечение исполнения капитанами морских портов своих функций. Осуществляет информационно-техническое обеспечение, консультирование и координацию государственного портового контроля.