Дирекция учреждена Минтрансом России, Правительствами Санкт-Петербурга и Ленинградской области для обеспечения скоординированного развития единой транспортной системы двух регионов. Разработанная Дирекцией Стратегия развития транспортной системы Санкт-Петербурга и Ленинградской области на период до 2030 года определяет следующие направления развития: развитие портовой инфраструктуры, внутреннего водного транспорта, региональной авиации, ж/д транспорта, развитие автомобильных дорог и системы ИТС, повышение уровня безопасности дорожного движения и улучшение работы пассажирского транспорта.