В соответствии с Указом Президента Российской Федерации № 314 от 9. марта 2004 г. Федеральное агентство железнодорожного транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере железнодорожного транспорта, а также функции по оказанию государственных услуг в области обеспечения транспортной безопасности в этой сфере.Росжелдор находится в ведении Министерства транспорта Российской Федерации и осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы.