Дирекция учреждена в 2013 году Правительством РФ совместно с Правительством Санкт-Петербурга и Правительством Ленинградской области для повышения уровня координации и обеспечения согласованных действий федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти Санкт-Петербурга и Ленинградской области при реализации мероприятий по развитию транспортной системы Санкт-Петербурга и Ленинградской области.Основная цель ее деятельности - налаживание эффективного взаимодействия между субъектами транспортной инфраструктуры региона при реализации комплексных транспортных проектов.